中国农业大学目前已经形成了特色鲜明、优势互补的农业与生命科学、资源与环境科学、信息与计算机科学、农业工程与自动化科学、经济管理与社会科学等学科群。拥有14个博士后流动站，19个博士学位授权一级学科，95个博士学位授权点，171个硕士学位授权点；现有学科覆盖农学、工学、理学、经济学、管理学、法学、文学、医学、哲学等9大学科门类。拥有6个国家重点一级学科、6个国家重点二级学科，共涵盖了24个二级学科，国家重点一级学科数量在全国高校中名列前茅；作物学、植物保护、农业资源利用、畜牧学、兽医学、农业工程等6个一级学科在全国一级学科整体水平评估中排名第一，排名第一的数量居全国高校第四位。学校还拥有21个省部级重点学科；3个国家重点实验室，1个国家工程实验室，36个省部级重点实验室；6个国家级研究中心，23个省部级研究中心；1个国家野外观测研究站，6个部级野外科学观测试验站。

6个国家重点一级学科和6个国家重点二级学科，共涵盖24个二级学科

6个国家重点一级学科（在全国一级学科整体水平评估中均排名第一）：

作物学（涵盖作物栽培学与耕作学、作物遗传育种等2个二级学科）

植物保护（涵盖植物病理学、农业昆虫与害虫防治、农药学等3个二级学科）

农业资源与环境（涵盖土壤学、植物营养学等2个二级学科）

畜牧学（涵盖动物遗传育种与繁殖、动物营养与饲料科学、草业科学、特种经济动物饲养等4个二级学科）

兽医学（涵盖基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学等3个二级学科）

农业工程（涵盖农业机械化工程、农业水土工程、农业生物环境与能源工程、农业电气化与自动化等4个二级学科）

6个国家重点二级学科：

植物学、微生物学、生物化学与分子生物学、农产品加工及贮藏工程、果树学、农业经济管理。

农业部重点学科11个

作物遗传育种学

果树学

农业生物环境与能源工程

动物营养与饲料科学

植物营养学

微生物学

生物化学与分子生物学

农产品加工及贮藏工程

车辆工程

农业电气化与自动化

农业经济管理学

北京市重点学科10个

食品科学与工程

生物学

园艺学

生态学

园林植物与观赏园艺

水文学与水资源

土地资源管理

管理科学与工程

农村发展管理

生物质工程

进入ESI全球前1%学科7个

据ESI（Essential Science Indicators，基本科学指标）2012年底的最新统计数据，我校在农业科学、植物学与动物科学、生物学与生物化学、环境/生态学、化学、微生物学和工程学等7个领域进入全球科研机构前1%，我校在ESI所有学科领域的论文数量也进入了前1%。 其中农业科学学科领域论文的总引用量首次进入全球前50名；论文数的绝对数量已经进入全球前20名；植物与动物科学的论文数排名也已经进入全球前50名。