设有六系六部，两所附属医院、一所社区卫生服务中心、一所模拟教学医院、一个中心和三个科研机构。

六系：药学系、生物技术系、医学系、医学技术系、护理系、涉外护理系。

六部：基础医学部、成人教育部、医学人文部、外语教研部、体育教研部、计算机教研部。

两所附属医院：长春市铁路医院、长春市第二医院

一所社区卫生服务中心：东方广场社区服务中心

一所模拟教学医院

一个中心：外语培训中心

三个科研机构：卫生改革与发展研究中心、生命教育研究与推广中心、护理学研究所。